Grazie Maurizio!
Allora vediamo di eliminare le tue perplessità così da farti dormire la notte...

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1) In Camera Settings il binning deve essere impostato ad 1x1 se utilizzi IRIS per gestire la Canon in fase di ripresa, come giustamente hai notato, le Canon riprendono sempre in 1x1. La 400D, come la 450D, si impostano scegliendo in Camera Settings il modello 5D/20D... come giustamente hai fatto tu.
2) Sulla costante di normalizzazione per la creazione del Master Flat ci sono varie linee di pensiero. Christian Buil specifica che questa costante dovrebbe essere praticamente uguale al valore medio del singolo frame di flat ottenuto col comando STAT. Questo valore medio per le Canon che utilizzano il processore DIGIC II (sino alla 400D) che è a 12 bit è intorno a 2000 in un flat correttamente esposto (attenzione a non saturare). Qui c'è un discorso da fare. Se prendi un flat della tua 400D ed esegui il comando stat troverai come risultato, tra i vari valori, che alcuni punti hanno il valore massimo di saturazione 4095 (2 elevato alla 12 è 4096, partendo da 0 ecco il valore massimo 4095). Questo non vuol dire che il flat è sbagliato, poiché se il valore medio si attesta intorno a 1500, 2000, allora sicuramente quei punti saturi sono hot pixel da correggere con i flat-master-dark o con il file cosmetico. Prova il comando find_hot inserendo come soglia un valore intorno a 3000-3500 e in un flat corretto troverai una manciata di punti con valore superiore a tale soglia, diciamo al massimo qualche decina, ma facilmente meno di 10. Questo ti fornisce una certa sicurezza su quanto detto, sono hot pixel.
3) Il comando find_hot lo utilizzi (a parte sui flat come detto sopra) sui i dark e mai sui light, se non per vedere per esempio, che percentuale di saturo hai sull'immagine. Allora il numero che inserisci sulla riga di comando è la soglia oltre la quale vai a contare i pixel presenti sul dark. Intanto tutte le operazione le devi effettuare sulle immagini CFA, quelle convertire da RAW, mai sulle RGB poiché la conversione da bayer a colore può introdurre (lo fa sicuramente) artefatti a livelli di pixel che renderebbero non ottimale la calibrazione. Tenendo presente che il valore massimo è 4095, fai delle prove cambiando valore di soglia sino a trovare il valore oltre il quale il numero di pixel caldi tende ad essere stabile, qualche centinaio. Faccio un esempio su un mio dark:
>find_hot dark-cosmetic 500
mi restituisce oltre 10000 hot pixel con messaggio di avviso... sono troppi!
>find_hot dark-cosmetic 700
1700 hot pixel, inizia ad avere un senso
>find_hot dark-cosmetic 1000
ho 250 hot pixel e tali restano (più o meno) anche aumentanto il valore di soglia. Questo mi sembra un buon compromesso.
La procedura sembra un po' casuale? Può essere, ma tieni conto che la sottrazione del master-dark calibra comunque in modo corretto i light, mentre il file cosmetico serve per evitare che i pixel caldi diventino punti neri, quindi se nei file calibrati hai evidenti punti neri, vuol dire che il file cosmetico non contiene tutti gli hot pixel e quindi puoi provare ad ottenerne uno nuovo abbassando il valore di soglia.
4) In File -> Settings... è importante impostare il File type a PIC, questo è l'unico modo per trattare agevolmente immagini native a colori (RAW in pratica, poiché anche se in B/N contengono già l'informazione colore grazie alla matrice di Bayer). Allora quando converti le RAW in CFA otterrai immagini PIC sempre in B/N, questo per i light, i flat ed i dark (eventualmente, anzi ti consiglio, anche i dark dei flat). Poi crei il tuo flat-master-dark ed il master-dark. Calibri i flat e crei il master-flat, calibri i light per ottenere le immagini corrette dal dark e dalla vignettatura, polvere, disomogeneità di QE e così via. A questo punto converti in PIC con cfa2pic e hai le immagini RGB che puoi allineare e sommare. Sicuramente secondo che metodo utilizzi per calibrare avrai bisogno di un master-offset falso e di un master-flat falso. Questi li ottieni caricando un'immagine CFA qualsiasi e digitando FILL 1 per ottenere il master-flat falso (salva con un nome appropriato) e con FILL 0 per ottenere un master-offset falso (sempre salvato poi con un nome appropriato). Ma qui è un altro discorso che se interessa possiamo intavolare!
Se ottieni dei file con @ sono fit, che quindi IRIS interpreta sempre in B/N. Qualche impostazione non è corretta, o meglio stai lavorando con i canali separati, ma questo se necessario ti conviene farlo solamente ad immagine finale prima di elaborare.
Sono stato lunghissimo, perdonami. Spero di averti dato una mano. Sono qui a disposizione per le cose che conosco, IRIS è davvero immenso e sto ancora imprando!