La perfetta collimazione dei due specchi, può essere sinonimo di treno ottico allineato bene? Per treno ottico intendo i due specchi ed ovviamente il focheggiatore.

Allineato a cosa?
Il treno ottico non è quello che intendi tu, ma quello che fa ciuf, ciuf.

Va be dai oggi sono scherzoso.

Se intendi allineato all'asse AR la risposta è no.

Parlavo anche di ortogonalità del fok

Io ho gli specchi collimatissimi, però le stelle ai bordi appaiono allungate nonostante ci fosse il correttore, in questo caso un Baader.

Potrebbe non lavorare al meglio il correttore se ho spostato in avanti lo specchio primario di circa 5mm? Mi ricordo che appena arrivato lo strumento, lo specchio primario era quasi attaccato alla cella, così per evitare tensioni ho pensato di portarlo in avanti di circa 5mm.

Non ho mai posseduto un newton.
Comunque la collimazione di uno strumento deve intendersi perfetta quando tutto il treno ottico è perfettamente a posto.
Per esempio parlando del RC anche il focheggiatore può essere leggermente disassato e non perfettamente collimato.
Nel mezzo del secondario dell'RC c'è un cerchietto, se si pone un laser nel porta oculari e si accende il laser, il punto rosso deve capitare al centro del cerchietto, altrimenti se si ha un focheggiatore registrabile bisogna far si che ciò avvenga.
Attenzione a far ambientare bene lo strumento prima di collimarlo, deve stare almeno un paio d'ore fuori, altrimenti non si riuscirà a ottenere stelle perfette neanche se lo strumento è perfettamente collimato.

Quindi potrei avere gli specchi collimati, ma non ortogonali al focheggiatore, la conseguenza potrebbe essere che il correttore lavora male?

Per i newton non so se sia tanto importante che i due specchi siano coassiali, in effetti il secondario è uno specchio piano.
Per quanto riguarda il riduttore se non è alla giusta distanza potrebbe correggere poco o troppo, comunque il coma residuo deve in ogni caso risultare simmetrico, altrimenti il sistema non è ben collimato.